Комплексность решаемых проблем и глубокое различие видов, форм органических биоудобрений предопределили специализацию научных подразделений и структурное построение исследовательской части института.
В головной его части создано 5 научных отделов, в состав которых вошло 10 лабораторий:
-
- Отдел технологий производства органических удобрений и торфа:
- лаборатория производства органических удобрений;
- лаборатория биотехнологических методов утилизации органических отходов;
- лаборатория торфа.
- Отдел систем применения удобрений и управления плодородием почв:
- лаборатория систем применения удобрений с группой экономики использования органических удобрений.
- Отдел биологизации земледелия:
- лаборатория сидератов;
- лаборатория агробиотехнологий использования растительных остатков;
- лаборатория первичного семеноводства сидеральных культур с группой семеноводства люпина.
- Отдел экологии:
- лаборатория агроэкологии органических удобрений с группой массовых анализов.
- Отдел организации и координации НИОКР.
- Отдел технологий производства органических удобрений и торфа: